约翰斯·霍普金斯大学采用德国古老的海德堡大学研究所的概念，被认为是美国第一所研究型大学，是美洲大学协会的12个创始会员之一。它的成功引发了美国其它大学向研究型大学转型。美国国家科学基金会连续31年将该校列为全美科研经费开支最高的大学。约翰斯·霍普金斯大学在医学、公共卫生、生物学、统计学、历史学与国际关系等相关学术领域闻名世界，也是哈勃空间望远镜和詹姆斯·韦伯空间望远镜的地面控制中心所在地。

截至2020年4月，共有39名校友、教职工及研究人员获诺贝尔奖。在2019年末，约翰斯·霍普金斯大学的冠状病毒资源中心（Coronavirus Resource Center）开始透过收集来自全球数百个来源的数据来追踪2020年的2019冠状病毒病疫情全球病例，成为有关各国疫情引用最多的来源之一。

约翰斯·霍普金斯大学创建于1876年1月22日。大学以其创建人和主要捐资人，巴尔的摩银行家、贵格会教徒约翰斯·霍普金斯（Johns Hopkins）命名。1873年约翰斯·霍普金斯去世，遵照其遗嘱，其身后大约七百万美元（按购买力折算，相当于2006年的16亿美元）的遗产被分成均等的两份，分别捐赠给以其名字命名的约翰斯·霍普金斯大学和约翰斯·霍普金斯医院。这在当时的美国是有史以来最大的一笔慈善捐赠。创始人希望摒弃美式学院的陈规旧制，仿照威廉·洪堡等人所倡导的以柏林洪堡大学为代表的德国大学模式，打造一所专注于扩展知识、研究生教育和鼓励研究风气的新式研究型大学。大学的目标为：“鼓励研究以及独立学者的进步，使得他们可以通过自己精湛的学识推动他们所追求的科学以及所生活的社会前进。”

大学的拉丁文校训为Veritas vos liberabit（“真理必叫你们得以自由”，语出《圣经·约翰福音》8:32）。校徽的正中央为橡树枝支撑的马里兰州建立者巴尔的摩领主的家族纹章，其上的书籍和地球象征着艺术和科学研究。大学的首任校长是Daniel Gilman。

约翰斯·霍普金斯大学是西半球第一所研究型大学，也是美国第一所以讨论班方式授课、第一所分专业录取本科生的大学。其理念和模式都对后来的美国大学产生了巨大的影响并为之纷纷效仿，典型例子如芝加哥大学。约翰斯·霍普金斯大学是全美大学联盟的14所创始校之一。